Aqui pode conhecer todo o processo de transformação e aproveitamento dos cetáceos, produto da faina baleeira, desde o desmanche até à recolha do âmbar, óleo e ensacamento da farinha. É visível toda a maquinaria utilizada em todo este processo ligando-se à história da baleação da ilha do Faial até aos anos 1980 bem como um esqueleto de cachalote com 10 m de comprimento e uma réplica à escala real de um destes fantásticos animais do mar. A Fábrica da Baleia, é gerida pelo "Observatório do Mar dos Açores" que é ainda um Centro de Ciência.